當發現
氣相色譜儀基線扭動時，請先檢查電網電源是否有異常波動或突變，特別是在同一電網電源上接有大功率裝置時，更要注意。同時檢查儀器的接地是否正確并且良好。
氣相色譜儀基線扭動：
1、指基線上下扭擺不停超出標準范圍、無法走直穩定。
注意：發現基線扭動時，請先檢查電網電源是否有異常波動或突變，特別是在同一電網電源上接有大功率裝置時，更要注意。同時檢查儀器的接地是否正確并且良好。
2、將火焰熄滅之后基線如果還是扭動：
1）檢查檢測器的溫度是否正常，必要時檢測器進行老化。
2）檢查檢測器是否被污染，如果污染請進行清洗。
3）檢查是否離子信號線故障、放大器電路板故障、輸出信號線故障、積分儀/工作站故障。
3、將火焰熄滅之后基線停止扭動，降低色譜柱箱的溫度扭動幅度卻不變小：
1）檢查空氣壓縮機的起動與基線扭動有沒有關系，否則維修空氣壓縮機。
2）檢查使用的空氣是否有污染現象，注意更換氣體過濾器的過濾劑，及對空氣壓縮機進行放水。
3）檢查檢測器的溫度是否正常氣相色譜儀，必要時檢測器進行老化。
4）檢查檢測器是否被污染，如果污染請進行清洗。
氣相色譜儀基線漂移過大：
儀器剛啟動、色譜柱更換后不久，基線的漂移是正常現象。基線漂移過大是指基線的漂移比正常的標準高很多，并且始終無法穩定下來。
1、將火焰熄滅之后如果基線還是漂移很大，要考慮是否電路系統的故障或接觸不良、絕緣退化等因素：
1）檢查檢測器是否被污染，如果污染請進行清洗。
2）檢查檢測器和離子信號線是否有接觸不良、絕緣退化等現象。使用TCD時，檢查TCD的鎢絲及引線是否接觸不良。
3）檢查是否離子信號線故障、放大器電路板故障、輸出信號線故障、積分儀/工作站故障。
4）檢查檢測氣相色譜儀器的溫度是否正常，必要時對檢測器進行老化。
2、將火焰熄滅之后基線不再漂移，降低色譜柱箱的溫度漂移幅度卻不變小，這種情況是色譜柱之后的部分有問題：
1）首先檢查檢測器是否被污染，如果污染請進行清洗。
2）然后檢查各種氣體是否污染或流量不正常。
3）檢查檢測器溫度是否波動。
4）檢測器的使用溫度在350℃以上時，某些毛細管色譜柱外側的樹脂成分可能受熱分解引起基線漂移，這種情況請把FID溫度降到350℃以下。
5）使用TCD時，檢查TCD鎢絲電流的設定是否太大。
在氣相色譜儀單火焰中，烴類物質本身雖然信號很小，但如果與硫化物同時進入火焰，則會使硫化物的響應大大減小，甚至沒有響應，這種現象稱猝火效應。
